Amnesty International hatte wiederholt darauf hingewiesen, dass ein vollständiges Verbot für den Bau von Minaretten diskriminierend ist und die Religionsfreiheit der in der Schweiz lebenden Musliminnen und Muslime verletzt. Die Initiative ist unvereinbar mit verschiedenen Konventionen, welche die Schweiz unterzeichnet hat, darunter die Europäische Menschenrechtskonvention.
Mit der Annahme der Volksinitiative «Gegen den Bau von Minaretten» am 29. November 2009 hat die Schweizer Bevölkerung einem neuen Verfassungsartikel zugestimmt, der nicht nur internationale Menschenrechtskonventionen verletzt, sondern auch ein unverhältnismässiger Eingriff in die Grundrechte darstellt. Er steht im Widerspruch zum Prinzip der Rechtsgleichheit, der Glaubens- und Gewissensfreiheit sowie des Diskriminierungsverbots.
Aus diesem Grund hatte Amnesty International das Parlament vor der Abstimmung aufgefordert, die Initiative für ungültig zu erklären. Die Menschenrechtsorganisation ist überzeugt, dass der Schweizer Bevölkerung keine Initiativen zur Abstimmung vorgelegt werden sollten, welche im Widerspruch zu rechtsstaatlichen Prinzipien und internationalen Konventionen stehen.