Isroil Kholdorov wurde im Februar 2007 in einem unfairen Gerichtsverfahren wegen «Verbrechen gegen den Staat» für schuldig befunden und zu sechs Jahren Freiheitsentzug verurteilt. Laut Angaben seines Rechtsbeistands waren bis auf eine alle Anklagen gegen Isroil Kholdorov konstruiert, um ihn für seine friedlichen politischen Aktivitäten und die Veröffentlichung von Menschenrechtsverletzungen zu bestrafen.
Im Juni 2012 verfügte ein Gericht drei weitere Jahre Haft gegen den Menschenrechtler, weil er gegen Gefängnisregeln verstossen haben soll. Seinen Angaben zufolge wurde ihm vorgeworfen, bei einer Kontrolle im Gefängnis nicht anwesend gewesen zu sein. Während diese stattfand, war Isroil Kholdorov ohne ersichtlichen Grund in einem Büro eingesperrt. Ausserdem hatte er sich aufgrund seines schlechten Gesundheitszustandes geweigert, einen schweren Gegenstand hochzuheben.
Ende 2015 wurde seine Strafe nach einer dreiminütigen Anhörung um weitere dreieinhalb Jahre verlängert. Isroil Kholdorov hatte keinen Zugang zu einem Rechtsbeistand. Seine Familie wurde weder über die Anhörung noch über die Anklagen gegen ihn informiert.
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