Nach 15 Monaten in iranischer Untersuchungshaft fand im Mai 2012 schliesslich ein Gerichtsverfahren statt. Man warf ihm «Kontakt mit feindlich gesinnten Ländern» und «Erhalt verbotener Zahlungen» vor. Bei diesen Zahlungen handelt es sich um das Stipendium der Universität Texas. Sein Gerichtsverfahren verlief unfair und wurde zusammen mit zwölf weiteren Verfahren sogar im Fernsehen übertragen. Vor Gericht wurde kein Beweismaterial gegen ihn vorgelegt und es wurde ihm untersagt, vor der Verhandlung mit seinem Rechtsbeistand zu sprechen.
Omid Kokabee wurde in Einzelhaft festgehalten, über lange Zeiträume hinweg verhört und unter Druck gesetzt, um ein «Geständnis» abzulegen. Er berichtete, dass die Behörden ihn nötigten, Einzelheiten über Personen aufzuschreiben, die er in Botschaften oder bei Konferenzen gesehen hatte. Die VerhörbeamtInnen beschuldigten anschliessend einige dieser Menschen, für den US-Geheimdienst CIA zu arbeiten.
Im Januar 2015 wurde die zehnjährige Haftstrafe gegen Omid Kokabee von der Abteilung 54 des Berufungsgerichts in Teheran bestätigt. Er ist zunehmenden Schikanen durch die Gefängnisbehörden ausgesetzt. So wird er beispielsweise immer öfter daran gehindert, wissenschaftliche Zeitschriften und Bücher zu lesen, die er grösstenteils von seiner Familie erhält.
Amnesty International betrachtet Omid Kokabee als gewaltlosen politischen Gefangenen, der sich nur deshalb im Gefängnis befindet, weil er sich weigerte, für das iranische Militär an Nuklearprojekten zu arbeiten, und weil er legitime akademische Verbindungen mit Hochschulinstitutionen im Ausland unterhält.
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