Khaled al Maqtari a été arrêté en janvier 2004 avec 60 autres personnes au moins, lorsque des soldats de l’armée américaine ont lancé une opération militaire éclair contre ce qu'ils soupçonnaient être un marché aux armes à Fallouja, en Irak. Il a ensuite été transféré dans la tristement célèbre prison d’Abou Ghraïb comme «prisonnier fantôme» non enregistré. Selon lui, il y aurait été soumis à un régime de coups, privation de sommeil, suspension à l’envers dans des positions douloureuses, intimidation par des chiens, hypothermie induite et autres formes de torture.
Après neuf jours d’interrogatoire à Abou Ghraïb, Khaled al Maqtari a été conduit en avion dans un lieu de détention secret en Afghanistan où il a été détenu pendant trois mois. Amnesty International a obtenu des documents de vol corroborant l’information selon laquelle un avion affrété par une société écran de la CIA avait quitté l’aéroport international de Bagdad neuf jours après l’arrestation de Khaled al Maqtari, pour se rendre à l’aéroport Khwaja Rawash à Kaboul.
À la fin du mois d’avril 2004, Khaled al Maqtari et plusieurs hommes détenus en même temps que lui ont été transférés dans un autre «site noir» de la CIA, situé probablement en Europe de l’Est. Après vingt-huit mois de détention dans ce lieu, Khaled al Maqtari a été envoyé au Yémen où il a été détenu jusqu’en mai 2007.
Khaled al Maqtari est maintenant de retour au Yémen, vivant avec les séquelles que peut laisser une torture psychologique et physique prolongée. Il n’a pas bénéficié de réparations de la part des autorités américaines, qui n’ont pas encore reconnu sa détention.
Amnesty International exhorte les autorités des États-Unis à mettre fin à ces détentions secrètes, à indiquer le nom de tous ceux qui ont été détenus dans le cadre de la «guerre contre le terrorisme», et à libérer tous ceux qui sont toujours détenus, s’ils ne sont pas immédiatement inculpés d’infractions pénales prévues par la loi et jugés par des tribunaux indépendants.