Ammar al-Baluchi a été accusé d’avoir transféré de l’argent à des hommes qui ont par la suite participé au détournement des avions utilisés lors des attentats du 11 septembre 2001. Ammar al-Baluchi a été détenu dans des prisons secrètes de la CIA de 2003 à 2006 et soumis à une disparition forcée, à des actes de torture et à d’autres mauvais traitements. Les informations sur les lieux où il a été emprisonné par la CIA durant ces trois ans et demi et le traitement exact qu'il a subi pendant cette période sont toujours classées secrètes. Le 4 septembre 2006, il a été transféré à Guantánamo, où il se trouve toujours.
Ammar al-Baluchi et ses coaccusés ont d’abord été inculpés en 2008 au titre de la Loi de 2006 relative aux commissions militaires. En 2012, l’autorité responsable des commissions militaires a autorisé l’accusation à requérir la peine de mort contre les cinq accusés. Leur procès n’a pas encore débuté. Selon ses avocats, Ammar al-Baluchi présente des symptômes de stress post-traumatique et de lésions cérébrales traumatiques résultant des tortures et des autres mauvais traitements auxquels il a été soumis pendant sa détention par la CIA. À la suite de nombreuses demandes officielles, en octobre 2016, le juge militaire et l’autorité à la tête des commissions militaires ont autorisé Ammar al-Baluchi à bénéficier d’un examen médical approfondi en vue d’un traitement. À ce jour, cet examen n'a pas été mené. Ses avocats affirment qu’en raison des blessures physiques et psychiques qu’il a subies et du handicap mental apparent qui en résulte, sa capacité à contribuer à la préparation de sa défense et à participer de façon significative aux audiences préliminaires est considérablement amoindrie.
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