Isroïl Kholdorov a été condamné à six ans d'emprisonnement à l’issue d’un procès inique en février 2007. Selon son avocat, toutes les charges retenues contre lui, à l’exception d’une, ont été forgées de toutes pièces par les autorités afin de le punir pour ses activités politiques d’opposition, pourtant pacifiques, et pour avoir dénoncé des violations des droits humains.
En juin 2012, il a été condamné à trois ans d'emprisonnement supplémentaires pour avoir prétendument enfreint le règlement de la prison. Il était accusé de ne pas s’être présenté à une inspection, alors qu’on l’avait enfermé dans un bureau, et d’avoir refusé de soulever un objet lourd – un refus qu’il avait motivé par ses problèmes de santé.
Fin 2015, sa peine a été prolongée de trois ans et demi à l’issue d’une audience qui n’a duré que cinq minutes. Isroïl n’était représenté par aucun avocat. De plus, sa famille n’avait même pas été informée de l’audience ni des charges qui étaient retenues contre lui.