Amnesty International a pour sa part toujours estimé que l'interdiction des minarets viole à la fois la liberté de religion des musulmans qui vivent dans notre pays et la prohibition de la discrimination pour des raisons de conviction religieuse, énoncée dans plusieurs instruments internationaux, dont la CEDH, auxquels la Suisse est partie.
Le peuple suisse a accepté en novembre 2009 d’introduire un article dans la Constitution un article dont le contenu est non seulement contraire au droit international mais constitue une atteinte inadmissible aux droits fondamentaux. Il n’est en effet pas compatible avec le principe de l’égalité devant la loi, la liberté de croyance et de conscience ainsi qu’avec l’interdiction de la discrimination. Amnesty International avait, pour cette raison, demandé au Parlement d’invalider cette initiative. en estimant que l’on ne devrait pas soumettre au vote populaire des initiatives contraires au principes de l’État de droit et au droit international.