Longtemps larvé, le conflit a éclaté en février 2003 en raison d'une compétition accrue pour les ressources naturelles. En partie saharien, le nord de la province du Darfour est parcouru par des nomades chameliers majoritairement arabophones, tandis que le sud et le centre sont peuplés par des fermiers sédentaires issus principalement des ethnies africaines. Les nomades avaient l'habitude de se déplacer pendant la saison sèche et de faire pâturer leurs troupeaux sur les champs des paysans. De cette façon, les animaux des nomades avaient de la nourriture et les champs des fermiers de l'engrais. Ce système, dont l'équilibre a toujours été fragile, a été remis en question avec la croissance de la population, la désertification, la sécheresse et l'évolution des conditions de vie. Les fermiers ont commencé à élever leurs propres animaux et ont voulu empêcher les nomades de faire paître leurs troupeaux sur leurs terres. De leur côté, les nomades qui possédaient des terres qu'ils faisaient travailler par des cultivateurs ont voulu les reprendre. Une guerre meurtrière a éclaté dans les années 1985-1988, suivie de plusieurs conflits locaux, le plus souvent ignorés à l’étranger.
Etat d’urgence
Dans ce contexte, la prolifération des armes légères dans le pays a facilité la création de milices armées. L’instauration d’un régime militaro-islamiste à Khartoum en 1989 n’a pas arrangé les choses. Le gouvernement a exploité les tensions existantes et soutenu les milices arabophones. L’état d’urgence a été instauré dans la région en 2001 et le pouvoir central a procédé à de nombreuses arrestations arbitraires. Lorsqu’une équipe d’Amnesty International s’est rendue au Darfour en janvier 2003, les communautés sédentaires se sont plaintes que le gouvernement n’assurait pas leur sécurité.
Au début de l'année 2003, des groupes armés, majoritairement composés de combattants des ethnies Four, Zaghawa et Massalit, ont commencé à combattre les forces gouvernementales. Deux groupes, l'Armée de libération du Soudan (ALS) et le Mouvement pour la justice et l'égalité (MJE), ont obtenu certains succès militaires, comme la prise de contrôle de l’aéroport d’El Fasher (la capitale du Darfour septentrional) par l'ALS en avril 2003. Le gouvernement aurait alors donné carte blanche aux milices nomades appelées Janjawid pour attaquer et piller les villages des zones rurales. Selon les témoignages de centaines de victimes interrogées par Amnesty International, les attaques seraient menées par les Janjawid en collaboration avec l'armée. Ces milices pratiquent une politique de la terre brûlée, détruisant les écoles, les puits et les récoltes vivrières. Ils terrorisent la population, violent les femmes et attaquent les camps de réfugiés.
Milices hors-la-loi?
Le conflit présente une dimension ethnique, mais celle-ci reste complexe. Nomades et groupes sédentaires sont de confession musulmane, mais certains groupes nomades revendiquent une origine arabe. Les victimes des groupes sédentaires rapportent que leurs attaquants les traitaient de «zurup» (noirs) ou de «abid» (esclaves). L'ALS et le MJE accusent les «Arabes» de vouloir éliminer les «Africains». Certains groupes arabophones ont pourtant refusé de rallier les Janjawid, ou figurent parmi leurs victimes. Récemment, sous la pression internationale, les milices Janjawid ont été déclarées hors-la-loi par le gouvernement. De nombreux témoins affirment qu’elles continuent leurs attaques contre les villages et les camps de réfugiés, sans que le gouvernement ne fasse rien pour les en empêcher. En conséquence, de nombreux réfugiés n’osent pas rentrer chez eux. En avril 2004, le gouvernement, l'ALS et le MJE ont signé un accord de cessez-le-feu, le troisième depuis le début de la crise. Mais les Janjawid n'ont pas été désarmés et bénéficient encore de l'impunité. Le gouvernement soudanais nie toute responsabilité, bien que de nombreux réfugiés l'accusent d'avoir bombardé des villages pour préparer le terrain avant les raids menés par les Janjawid.