La mission de Frontex selon l’ordonnance est d’«améliorer la coordination de la collaboration opérationnelle entre les Etats dans le domaine de la protection des frontières extérieures».
Elle soutient cependant avant tout les Etats membres en matière de sécurisation des frontières et de reconduite d’étrangères et d’étrangers sans autorisation de séjour. Pour empêcher les migrantes et migrants de passer les frontières européennes, Frontex engage des bateaux et hélicoptères communs, forme des garde-frontières et effectue des contrôles le long des frontières et des eaux extraterritoriales. Lors de plusieurs opérations, des bateaux chargés de migrantes et migrants ont été arraisonné-e-s en haute mer et contraints de faire demi-tour.