Actuellement, plus que 150 hommes sont incarcérés à Guantánamo (janvier 2014).
Selon le gouvernement de Barack Obama, 48 détenus ne peuvent être ni libérés ni jugés, mais doivent être maintenus en détention illimitée.
Sur les 779 détenus, tous sauf un étaient des étrangers.
Depuis 2002, sept détenus ont été déclarés coupables par des commissions militaires, dont cinq ont plaidé coupable dans le cadre d'un accord négocié avec les autorités; quatre d'entre eux ont été rapatriés.
Depuis 2002, neuf prisonniers sont morts à la base: sept se seraient suicidés et deux sont morts de causes naturelles.
Les États-Unis ont l'intention de requérir la peine capitale contre six prisonniers qui doivent comparaître devant une commission militaire. Ils ont tous les six été victimes de disparitions forcées et placés en détention secrète par la CIA, avant d'être transférés à Guantánamo. Ces six hommes ont subi des actes de torture et d'autres traitements cruels, inhumains ou dégradants, et ont été détenus au secret et à l'isolement pendant près de quatre années. Deux d'entre eux ont été soumis au «waterboarding» (simulacre de noyade). Les techniques d'interrogatoire et les conditions de détention des prisonniers aux mains de la CIA restent classés hautement confidentiels par les États-Unis.
Un détenu de Guantánamo a comparu aux États-Unis devant un tribunal fédéral. Il a été condamné à la réclusion à perpétuité en janvier 2011.
Aucun détenu n'a été remis en liberté aux États-Unis.
Depuis 2002, plus de 600 détenus ont été transférés de Guantánamo vers d'autres pays, notamment l'Afghanistan, l'Albanie, l'Algérie, l'Allemagne, l'Arabie saoudite, l'Australie, Bahreïn, le Bangladesh, la Belgique, la Bosnie-Herzégovine, le Danemark, l'Égypte, les Émirats arabes unis, l'Espagne, les États-Unis, la France, l'Iran, l'Irak, la Jordanie, le Kazakhstan, le Koweït, la Libye, les Maldives, le Maroc, la Mauritanie, l'Ouganda, le Pakistan, le Qatar, le Royaume-Uni, la Russie, la Somalie, le Soudan, la Suède, la Suisse, le Tadjikistan, la Tunisie, la Turquie et le Yémen.
Ce n'est qu'après six ans et demi de détentions à Guantánamo que la Cour suprême des États-Unis a statué que les prisonniers avaient le droit de contester la légalité de leur détention devant un tribunal fédéral américain. Lorsque cet arrêt a été rendu en juin 2008, dans l'affaire Boumediene c. Bush, plus de 500 détenus avaient déjà été transférés de Guantánamo.
Entre juin 2008 et fin novembre 2011, la cour fédérale de district a rendu 47 décisions de justice sur le fond concernant des requêtes en habeas corpus (procédure permettant la comparution immédiate d'un détenu devant une autorité judiciaire, afin de contester la légalité de la détention, et de permettre ainsi une éventuelle remise en liberté). Dans 22 affaires, concernant 38 personnes (dont 17 Ouïghours), le juge a déclaré la détention illégale. Dans 25 affaires, la cour a déclaré la détention légale dans le cadre de la «guerre contre le terrorisme» menée à l'échelle mondiale par les États-Unis.
Au moins 12 des détenus de Guantánamo avaient moins de 18 ans quand ils ont été mis en détention.
Les prisonniers ont été placés en détention dans au moins 10 pays – la Bosnie-Herzégovine, le Pakistan, l'Indonésie, la Thaïlande, l'Azerbaïdjan, la Zambie, les Émirats arabes unis, le Kenya, Djibouti et l'Afghanistan – avant d'être finalement transférés à Guantánamo.